Agora na versão 5.58 do APLWeb você pode gerar uma unica fatura com vários pedidos. Isso só é possível na interface do PDV. Basta clicar no link Pedidos Faturados e ir selecionando os pedidos. O APLWeb irá incluir já fazendo as devidas totalizações das formas de pagamento. Para esse faturamento ser possível é necessário que o parâmetro Permitir Faturamento de vários pedidos no PDV do módulo APLPDV esteja como SIM.